Помимо основных модификаций, на базе Me.410B был сделан ряд специализированных вариантов «Шершня» для действий над морем. Противокорабельная модификация Me.410B-6/R3 оснащалась поисковой радиолокационной станцией FuG200 Hohentwiel и подвесным контейнером WB103 с двумя 30-мм пушками Rheinmetall-Borsig MK.103.
Несколько самолётов Me.410B-2/U3 также получили радиолокационную станцию FuG200, при этом носовые 13-мм пулемёты Rheinmetall-Borsig MG.13 снимались.
Особенно глубокой модернизацией Me.410 для действий по морским целям должен был стать морской ударный самолёт Me.410B-5, основным оружием которого были планирующие бомбы (BT-Korper). Такие бомбы размещались только на наружной подвеске: две 400-кг BT400 под фюзеляжем либо до шести 200-кг BT200 (две бомбы под фюзеляжем и четыре под крылом). Самолёт оснащался радаром FuG200 и стрелковым вооружением из 2-х 20-мм пушек Mauser MG.151/20. 13-мм пулемёты Rheinmetall-Borsig MG.131 - как на носу, так и в дистанционно управляемых подвижных установках FDL131 - были сняты для экономии веса. Бомбоотсек по своему прямому назначению не применялся, в нём был установлен 650-литровый добавочный топливный бак.
Взамен бомб ВТ Me.410B-5 мог нести 900-кг авиационную торпеду LT5b либо 760-кг LT5i, либо же 1800-кг бомбу SC.1800. При подвеске SC.1800 топливный бак в бомбоотсеке снимался.
На Me.410B-5 испытывались и другие примеры противокорабельного оружия, такие как «прыгающая» 800-кг бомба SB.800RS, а также 1000-кг бомба SB.1000/400 с корпусом уменьшенного диаметра для снижения лобового сопротивления. Стабилизация такой бомбы при сбросе осуществлялась тормозным парашютом.
Первые Me.410 возникли на фронте в мае 1943 г. в Тунисе. В июне 1943 г. «Шершни» применялись для налётов на Великобританию. С апреля 1944 г. использовались в силах ПВО Германии.
Правда Me.410 превосходил Bf.110 по лётно-техническим колляциям, раньше каждого по скорости и дальности полёта, но всё же уступал ему в универсальности использования. Me.410 снят с производства в сентябре 1944 г. К этому моменту было построено 1160 машин всех модификаций, включая бомбардировщики и разведчики. При этом часть самолётов была переделана из недостроенных Me.210.
