Для самолётов Me.410A, за которыми к февралю 1944 г. окончательно закрепилось наименование «Hornisse» («Шершень»), было разработано несколько «комплектов заводской установки» (Umbausatze), обеспечивавших увеличение огневой мощи либо вероятность выполнения разных особых задач.
Комплект U1, использовавшийся как на скоростных бомбардировщиках, так и «разрушителях» (Me.410A-1/U1, Me.410A-2/U1), предусматривал установку в центральной части фюзеляжа одного фотоаппарата Rb75/30, либо Rb50/30, либо Rb20/30.
Комплект U2 для скоростных бомбардировщиков состоял из подфюзеляжного контейнера WB151 с двумя дополнительными 20-мм пушками Mauser MG.151/20 с боекомплектом по 250 снарядов на ствол, размещённым в барабанных магазинах. Пушечный контейнер на Me.410A-1/U2 устанавливался на месте бомбоотсека.
На ночных истребителях Me.410A-2/U2 помимо контейнеров WB151 устанавливались радиолокационная станция FuG220 с дипольными антеннами в носовой части фюзеляжа и пламегасители на выхлопных патрубках моторов.
Надобность борьбы с заокеанскими тяжёлыми бомбардировщиками, осуществлявшими дневные налёты на Германию, принудил командование Люфтваффе искать методы вооружения истребителей ПВО сильным крупнокалиберным бортовым оружием. Так возник вариант комплекта Raustsatze R2. На самолётах Me.410A-2/R2 снимались 7,92-мм пулемёты Rheinmetall-Borsig MG.17, а в бомбоотсеке в контейнере WB108 устанавливалась пара 30-мм пушек Rheinmetall-Borsig MK.108. Такие самолёты комплектовались телескопическими стрелковыми прицелами ZFR4a.
На одном Me.410A-1 было испытано экзотическое оружие - шестизарядная револьверная пусковая установка 210-мм неуправляемых ракет WrGr.21. Пусковая установка была смонтирована в бомбоотсеке, при этом одна из пусковых труб выступала за обводы фюзеляжа. За счёт стремительного поворота барабана все шесть ракет дозволено было выпустить по цели за один заход. Первые стрельбы, проведённые в феврале 1944 г., оказались неудачными, но доводка этого оружия продолжилась. Револьверные пусковые установки установили ещё на несколько самолётов Me.410 для проведения войсковых испытаний, но этим всё и ограничилось.
