Острая надобность замены в боевых эскадрах Люфтваффе устаревшим Bf.110 и неудачным Ме.210 послужила для фирмы Messerschmitt AG причиной для создания нового двухмоторного тяжёлого истребителя. Данный самолёт было решено разрабатывать на базе Ме.210 после этого, дабы дозволено было применять теснее имеющуюся технологическую оснастку и заготовленные детали и комплектующие. Помимо того, такой подход облегчал освоение нового самолёта лётным составом. Правда логичнее было бы сберечь бывшее обозначение, добавив к нему букву индекса модификации, но из-за возмутительной репутации Ме.210 было решено изменить обозначение на новое - Ме.410.
Бывалый пример Me.410V1 был переделан из Me.210A-0. Его испытания начались осенью 1942 г. Серийное производство Me.410A началось с января 1943 г.
У Me.410 была изменена длина фюзеляжа и внесены существенные метаморфозы в конструкцию крыла, в частности была уменьшена на 5° стреловидность передней кромки консолей. Были установлены предкрылки, несколько облагорожена аэродинамика радиаторов и изменена форма закрылков. Основным различием Me.410 стали новые форсированные 12-цилиндровые моторы жидкостного охлаждения Daimler-Benz DB.603A мощностью 1750 л. с. с трёхлопастными воздушными винтами изменяемого шага VDM.
По сопоставлению с Me.210 управляемость Me.410 стала абсолютно приемлемой, исчезли склонности к неожиданному сваливанию самолёта в штопор. Лётные колляции были значительно выше, чем у Bf.110.
В серии единовременно строились две модификации самолёта: скоростной бомбардировщик Me.410A-1 и «разрушитель» («Zerstörer») Me.410A-2. Оба варианта имели идентичный состав стрелкового вооружения, подобный Me.210A-1.
В бомбоотсек дозволено было подвесить одну 1000-кг бомбу PC.1000, SD.1000 либо SC.1000, либо две 500-кг бомбы, либо восемь 50-кг бомб. Типичной считалась бомбовая нагрузка в 500 кг. Me.410A-1 был оснащён особым прицелом для бомбометания с пикирования Stuvi 5B, а также тандемными бомбодержателями ETC под корневыми частями крыла на четыре 50-кг бомбы, по две под всей консолью. При помощи особых переходных мостов Aussen ETC под крыльями дозволено было подвесить две 250-кг бомбы.
